忽必烈经济规划的关键是劝农。1261年，他创建了一个机构劝农司，并任命八位官员开展支持农业经济的计划。忽必烈选择姚枢总领该机构，显示了他对农业的重视程度。同样，劝农司的官员又挑选了一批精通农业的人员帮助农民耕作土地。最终，一支规模庞大的官僚队伍被组织了起来，其职责是促进农业生产以及有效利用土地。北方耕地因连绵半个世纪的战争而遭受了严重破坏，处于凋敝状态。忽必烈必须制定政策，促进土地的恢复。光靠救济措施，包括免税措施，是不够的。此外还要建设粮仓，存贮多余的粮食，以应付荒年粮食短缺。忽必烈的都城到最后一共建有五十八个这样的粮仓，可以储存十四万五千石粮食。但是这样的措施只是治标不治本的缓冲剂。忽必烈需要付出更加积极的努力来帮助中国农民。

    忽必烈的敕令和经济规划都显示出他曾试图保护农民的利益。在其中一份给他的蒙古属下的敕令中，他要求他们注意保护农民最宝贵的财产——土地。1262年初，他禁止牧人在农田里放牧牲畜。他不愿意看到蒙人侵犯或破坏农民的宝贵土地。这项法令和其他规定表明他越来越关心定居社会的臣民。但是，这些措施并不一定表明忽必烈完全彻底地认同农民了。不过，对忽必烈而言，假如不能适当地扶持农民阶级，汉地就不可能得到有效治理。

    忽必烈希望帮助农民自己组织起来，促进经济的复苏。到1270年，他发现了一个合适的机制——社。这是一种由政府支持的新的农村组织，大约由五十户组成，每个社有一个社长为其首领，其首要目标是刺激农业生产，鼓励垦荒。忽必烈对社所颁布的命令包括：助耕，植树，开垦荒地，改善防洪和灌溉设施，增加丝绸生产以及河湖养鱼等。社长要奖勤罚懒。忽必烈及其幕僚所设计的社实际上是一种农民自助组织。忽必烈把管理这种组织的自主权赋予了汉人，从一定意义上说，这实际上是给予了他们掌握自己生活的一种方式。

    忽必烈及其幕僚打算让社发挥更大的作用，其主要目的是维护农村地区的稳定。看起来，“许多农民愿意组织起来，但不是参加试图改变现有社会结构的革命组织，而是重建旧有的社会结构和恢复农村地区的稳定”。忽必烈还计划利用这种组织作为监视农民和定期人口普查的助手。或许最具创意的目标是利用这种新组织促进教育的普及。每个社都有责任建学校，供村里的男孩子入读。学校要向农民的孩子介绍更好、更有效的耕作方法，并教会他们识字。这种教育体系迥异于传统的、以科举考试为目的的教育体系。虽然这种设想并未实现，但是它显示了忽必烈及其幕僚心中孕育的一种观念，即培养一批有文化修养的农民，其利益将受到政府的保护。这表明，政府的关注对象不仅仅是游牧人，而且也包括农民。例如，忽必烈要求社建立“慈善粮仓”（义仓），在灾荒年、粮食歉收时救济饥民，为鳏寡孤独者提供粮食。

    另外一种保护农民的方法是设计一种稳定的规律性的税收系统。忽必烈希望废除包税制，因为这种措施不容易控制，而且容易导致滥征税。此外，他希望削减封地的权力，这对保护农民利益同样是很关键的。按照忽必烈所实行的新体系，原先农民向封地领主缴税改为向政府缴税，然后，税收收入由政府和领主平分。农民每年只需缴纳一次税，不必再担心领主反复无常地征税。

    压在农民身上的另一主要负担是劳役，它和赋税一样苛烦。忽必烈开展了一系列的公共建设规划，譬如大运河的扩展，都需要投入大量的人力和物力。联结蒙古首都和中国各地的驿传系统也需要地方上提供人员、马匹以及物资供应等。这些劳役显然是沉重的负担，但是，在忽必烈执政期间，他一直尽力限制对老百姓提出过分的要求。有时他会豁免那些被征召承担特别劳役者的税。他一再发布命令，要求他的使节和军队不要向当地农民滥征税。当然，既然忽必烈不得不对自己的官员一再重复这些命令，那就表明滥征税的现象一直存在。但是忽必烈显然不同于那些比较保守的蒙古人，他并不希望一味地剥削中国农民，或者迫使他们摒弃他们的土地以便于放牧。