宋军残部仍在不断地转移。在离开泉州以后，他们从一个港口转移到另一个港口，首先停留在潮州，然后到了惠州。1277年的大部分时间里他们都待在广州，但他们无法安心地苟延残喘。唆都决不会放弃粉碎南宋最后抵抗势力的终极目标。每当遇到抵抗，他便会用穆斯林发明的石弩和其他武器粉碎他们。1277年11月他试图与宋廷谈判，但是张世杰断然拒绝了他的提议。于是，唆都发兵攻占了广州，1278年2月，他的队伍也挺进到了潮州。当宋廷再次出逃时，他们在1278年1月6日遇到了一场巨大的风暴。宋帝的船只沉没了，他和张世杰几乎殒命。压力、严酷的生活以及气候和环境的不适应，使这个体弱多病的孩子（宋帝）再也无法承受，就在他十岁生日到来之前的5月8日死去。

    他的死对南宋残部来说是一个沉重的打击。但张世杰仍设法把他们集合起来，做最后一搏。他把刚刚驾崩的皇帝赵昰的同父异母兄弟赵昺扶上皇位，然后与陆秀夫一起，代宋幼帝行政。在此之前，宋军残部一直在中国的最东南方避难。实际上，他们是在雷州半岛外一个名叫碙洲的海岛避难。他们明白，他们这样做只能是在蒙古袭击的威胁下苟延残喘。除此以外，还能做什么呢？陈宜中提议皇帝前往占城（在今越南的南部地区）寻求避难。既然许多占城人最初都是汉人，而且他们也很害怕蒙古的入侵，他们也许会欢迎年轻的宋朝国君，或许还会为自己有幸保卫一个伟大帝国的君主而沾沾自喜呢！陈宜中远航到占城，希望占城国王会接纳宋幼帝来此避难。在等候陈返回时，南宋残部发现已经无法在碙洲继续待下去了。蒙古军队占领了雷州，以防止宋廷逃往占城。宋军再次起程开往海上，并逃往崖山临时避难。此处离已落入蒙古人手中的广州不远。

    蒙古大军已经准备好对被围困的南宋军队发起攻击。1279年初，各路蒙军向崖山合围。张世杰知道他无法抵抗蒙古人的火力，于是便试图设法逃出蒙军对崖山的封锁。但是在3月19日，他的舰队中只有十六艘船冲破了蒙古舰队的包围圈。南宋皇帝的船只被摧毁。当陆秀夫意识到船在下沉时，便把宋幼帝抱在手中，跃入大海。宋朝最后一位皇帝葬身大海，大宋江山从此落入了蒙古人的手中。

    南宋残部或投降，或自杀，但一些人决心继续斗争，其中最著名的领袖是张世杰，他自称在占城或越南找到了宋朝皇室的一个后裔，此人可以被立为皇帝。抱着这个乐观的想法，他起程前往东南亚。可是，时运不济，1279年6月他的船遇到了一场飓风，他本人在风暴中丧生。陈宜中到达了占城，但是当他获悉宋幼帝死后，就再也无法返回了。他留在了占城，为随后而来的南宋难民铺路。当1283年蒙古军入侵占城时，他逃到了暹国（泰国），并居住在那里，直到去世。文天祥被蒙古兵俘获，但他拒绝与南中国的新主人合作，最终因敌视蒙古人而被处决。

    到1279年为止，忽必烈粉碎了南宋王朝的残余势力。他此时面临着或许更加困难的任务，即他必须设法掌握被征服的南宋百姓的行政机构，要赢得他们的信任，他不能表现得像一个“野蛮”征服者那样，只对掠夺中国南方的资源感兴趣。忽必烈需要建立一个既为蒙古人服务又不过分压迫当地百姓的行政机构，保持某些政策的连续性，并留任某些南宋官员以保证政权的平稳过渡。南宋刚刚覆亡，忽必烈便竭力防止他的军队疏远当地百姓。1278年9月，他命令唆都和蒲寿庚必须尊重当地百姓，并且告诫他的军事将领，允许当地百姓在新征服地区从事农业和商业经营活动。他警告，决不可随意没收他们的财产。在他执政的头几年，他就新征服地区的管理多次发布过类似的宣告。这些政策是相当有效的。叛乱很少发生，大规模的起义也不见诸史书记载。有许多富有才华的南人服务于蒙古政权。当然，一些南宋官员和学者拒绝被蒙古人征召，宁愿致力于非政治性的事业，还有不少人在内心里保持着对亡宋的忠诚。但是，忽必烈既然能够统治世界上最庞大帝国的庞大人口，他也就能够在南宋土地上建立蒙古人的统治。而这是最为了不起的。在蒙古人征服的地区，没有哪个地方像南宋那样人口众多，富庶兴旺。我们看到，忽必烈的政策使得蒙古人能够有效地治理这片广袤的土地。这是一个不折不扣的传奇。尽管蒙古人在中国的统治仅仅持续了不到一个世纪便结束了，但我们不应该因此而贬低忽必烈所取得的成就。与他同时代的人，无论是蒙古人还是非蒙古人，都异口同声地认为，他对中国南方的治理是非常成功的。