忽必烈对待宋朝皇室相当不错。虽然他没收了一些宋朝皇室的衮冕、圭璧以及其他珍宝，但他并没有存报复心理。他赐给宋废帝赵顯“瀛国公”之号，并向这位习惯了锦衣玉食的年轻人提供他所需的一切奢华生活条件。赵顯最终被流放到了吐蕃，并于1296年剃度为僧。忽必烈也向南宋普通官员和百姓许诺，将以同样的仁爱之心厚待他们。所有主动投诚者将得到宽宥，忽必烈还命令手下将士善待儒士、道士、佛教僧侣等。他承诺，政府将抚恤鳏寡孤独者。如此，他向人们传递了这样一个重要信息：他决不会容忍对被征服地区的任何掠夺行为。相反，他会在南方采取和北方同样的政策，即医治战争创伤，促进经济增长。

    《元史》中有一则记载，其真实性已无法考证。这则记载刻画了忽必烈和他的妻子察必对待宋室的不同态度。宋朝的谢太后和全太后在觐见忽必烈之后，被安置在大都（今北京）。她们的两个侍女，一个姓朱，一个姓陈，不忍见其主人受辱，于是双双上吊自杀。忽必烈也许被这种自杀行为激怒了，但更可能是为此感到难堪，于是便把她们暴尸，并且把她们的头颅悬挂在全太后的门口。察必对忽必烈的野蛮行径感到非常生气，她要求把全太后和谢太后送回中国南方去。忽必烈承认他妻子的严厉批评有道理，但他仍然认为，允许宋朝太后回到南方绝不可行。南方的南宋遗民会造反，而且皇太后的安全也无法保证。因此，忽必烈建议把她们留在大都，并且承诺他会很好地关照她们。察必负责照顾她们，而她显然对她们非常宽厚。谢太后一直住在大都，直至1282或1283年去世。而全太后则出家当了尼姑，1296年后去世。蒙古统治者对宋朝皇室如此的优待博得了人们的好感。

    尽管占领了临安，但是征宋战役仍未结束。得知都城陷落后，逃往南方的南宋将士于1276年6月14日在福州集合，为年仅七岁的皇帝赵昰（1268—1278）举行登基仪式。赵昰是被俘宋帝的同父异母兄弟。正当大宋王朝急需一位强有力君主的时候，又一位幼主登基了。陈宜中总理一切，张世杰、文天祥、陆秀夫（1238—1279）各司其职。然而此四人皆欲控制朝政，无人能够化解他们之间的分歧。在一次冲突中，陆秀夫因胆敢质疑陈宜中的政策而遭到罢黜。当这些领袖人物继续争吵不休的时候，其他官员厌倦了这种权力内斗，纷纷投奔蒙古。例如，宋将夏贵叛变，把淮南西部和蒙元接壤的三个大州、六个小州、三十六个区拱手送给了蒙古。宋廷内部的不团结使之无法获得自己人民的效忠。

    宋廷内部的分裂使得蒙古军更加迅速和无所顾忌地向南推进。畏兀儿人阿里海牙受命平定宋境的西南。他率三万大军，于1276年7月向现在的广西挺进。在途中，他攻下了长沙，到了第二年的4月，他已经一路打到了广西北部。他显然对忽必烈的命令了然于胸，因为在他的军队占领广西几天之后，他便设立了官署，开始着手恢复该地区的经济。与此同时，在东部战场，蒙古军队在唆都的指挥下，一路追击南宋皇室残部，直到中国南部沿海一带。1275年，唆都占领处州港之后，迅速向南推进。到1276年底，他的队伍开始在福州会师。宋幼帝赵昰刚刚逃到这里避难。蒙古大军只需几天就将到达这里，于是宋廷高层再次决定撤退。他们摒弃了任何投降的建议，沿海路向南航行，最后停泊在繁忙的口岸城市泉州。

    他们一到达，便立即开始与蒲寿庚谈判。蒲是一位卓越的沿海贸易管理者，出身于阿拉伯富商之家，其祖父最初定居广州。蒲寿庚因协助消灭为害泉州的海盗有功，被授予泉州市舶使。他的位置为他提供了迅速致富的机会。商人和官员的礼物，以及贿款和贪占，使得蒲寿庚腰缠万贯。他的实力使得他成为忽必烈和逃亡中的宋王室争相拉拢的对象。双方都想获得他的效忠，因为双方都认识到，蒲寿庚所掌握的船只将在未来决定胜负的海战中发挥关键作用。当宋朝残部到达泉州之后，他们立刻四处寻找船只和物资供应。但是蒲寿庚发现他们的态度非常傲慢，一副居高临下、盛气凌人的模样。他们好像是在要求，而不是请求所需要的一切。蒲寿庚强抑着愤怒，邀请他们在泉州多待些时日。同时，他加快了与蒙古人结盟的行动。张世杰和其他宋廷官吏对蒲寿庚的意图和忠诚表示怀疑。有一位学者认为，很可能当蒲寿庚请求宋帝留在泉州城时，就打算扣押宋帝。于是，宋廷在1277年初从泉州出逃。在4月或者更早之前，蒲寿庚正式决定与蒙古人合作，并且把他的意图告知忽必烈的元廷。忽必烈自然喜出望外，因为蒲寿庚的效忠将大大增强蒙古海军的实力。他立即与这位阿拉伯裔官员结盟，任命他为闽（今福建省）、广（今广东省）大都督兵马招讨使。忽必烈确信，用这种方法将能够得到蒲寿庚的优良船只。但是蒲寿庚在该年年末遭遇了一场危机。张世杰组织了一支由精良战舰组成的舰队，封锁了泉州港，蒲寿庚似乎处境非常艰难。两个月后，忽必烈派遣蒙古援军增援蒲寿庚，张世杰被迫退往南方。