在忽必烈执政初期，汉儒幕僚曾连篇累牍地向他提出了建立行政组织的许多建议。其中许多是相似的，即建立一种传统中国式的行政管理系统。郝经所提出的十六点主张是这类建议中的典型代表，其中一些被忽必烈采纳。此人后来作为忽必烈的外交使节被南宋扣留。郝经首先建议忽必烈召集一批具有代表性的学者和官员讨论有关新政治体制的问题，这批人所应优先考虑的最重要的事情应该是如何加强防卫，对叛逆者和变节者应处以死刑，但是在开国之初应该对那些曾激烈反对新朝的人实行部分大赦；君王应该开明、赏罚分明、果断，但是，他必须建立一个强有力的中央政府，并任命一批握有实权的大臣，因为他无法做到事必躬亲，作出所有的决定；中央政府应建在中国北方，因为这个地区是真正的心脏地带，但是哈剌和林应保留一个辅助性的行政机构，在边境地区应建立军事区；君主应该竭力维持与其他直系亲王的友好关系，但是仍应设立监察机构，加强对亲王封地的控制，以防止他们滥用权力；他应该尽力减少官员的数量，合并政府机构，以便控制开支，并限制官员结党营私；应该尽力减轻老百姓的赋税，宋朝和其他朝代为平衡支出而强加给老百姓的各种特别税项应该被废止；应促进纸币的广泛流通；政府应该继续加强盐铁专卖，但是监督盐铁专卖的官员数目应该减少；在采取所有这些步骤之后，君王应该立一位皇太子，以确保王朝的延续。

    忽必烈最后采纳了郝经的大部分建议，这些建议实际上反映了其他许多儒士的治国方略。但是，完全恢复他们所设想的传统中国政府体系并非忽必烈所愿。忽必烈希望他的政府能够赢得汉人的支持，但同时也反映并保护蒙古人的利益。他不愿意把过多的权力交给他的汉人幕僚，也不热衷于按照传统中国朝代的模式建立自己的整个管理机构。他所需要的无非是一个能适应自己需要的政府架构。例如，出于这种考虑，他不愿意再举办科举考试。这种难度很大的考试以儒家经典作品知识为基础，自从汉代以来一直是遴选官员的主要方法。然而，忽必烈更愿意亲自随意选择自己的官员，而不愿意受中国惯例的束缚。准备科举考试需要不断重复学习并且认同儒家学说，而忽必烈并不太希望受制于被这种学说熏陶出来的幕僚集团。他的汉儒幕僚之一王文统，已被证明对他不忠。那么，还有多少汉人将被证明在帮助蒙古人统治汉人方面是不可靠的呢？忽必烈不想让儒士充斥他的政府，他也不想把科举考试作为录用官员的唯一手段。他想要的，实际上是任命自己部下的权力。由于科举考试是中国文化的最显著的特点之一，忽必烈执政期间科举考试的中断标志着对中国传统习惯的偏离。

    在其他方面，忽必烈也背离了中国传统习惯。他把人口分为三等，随后又分为四等，蒙古人占据最显要的位置。第二等是所谓的色目人，主要由西北各族、西方人和中亚人组成。因为他们曾忠实地效力于蒙古人，所以他们的地位比汉族高。第三等是北方汉人和原金朝的女真人，在蒙古1279年征服南宋之前，他们一直处于社会的最底层。最后是南方汉人，或南人，是最不受欢迎和最不可靠的群体。两个汉人群体被排除在一些最重要的文官职位之外，只有蒙古人或中亚人才可担当这类职位。虽然汉儒幕僚的影响力实际上往往比高级官员更大，但是他们的地位并没有被很好地定义。

    忽必烈之所以采取这些政策，其原因既简单又实际：在中国，汉人的数目远远超过了蒙古人。有资料估计，在中国居住的蒙古人仅有几十万人，然而北方汉人的人口共计大约为一千万，而南宋的汉人人口总数则为五千万。由于人口数量的巨大反差，如果蒙古人要生存下去，且避免被人数众多的汉人吞没，那么他们就必须保持对政府领导职位的控制。他们必须站在权力的最顶端，以便于保存他们独特的文化传统。由于人口数量上相差悬殊，忽必烈认为，他必须强调蒙古人的领导地位。

    但是，要达到这个目的，他首先必须获得对蒙古领导权的控制。许多蒙古贵族自从窝阔台汗在位时就已经被赐予了封地。他们认为自己在这些领地上享有至高无上的权力，即使很小的干涉也不愿容忍。忽必烈必须坚持中央政府对这些几乎完全自治的领地的控制权力，无法容忍这些封地领主对他权威的挑战。他们必须被置于中央政府的监督之下，而忽必烈则计划制定一些制度来抑制他们。因此，忽必烈所面临的工作是不仅要限制汉人，而且要限制蒙古人，而这比任何一位典型的中国皇帝所面对的问题都要更加困难。此外，他还胸怀大志，希望成为天下之共主，而不愿只做一个区区中国的皇帝。然而，他的这个愿望却一直未能实现。还在他执政之初，蒙古帝国的其他地区，包括中亚、波斯、俄国，就开始声称独立。虽然他们仍然尊他为名义上的大汗，但是事实上，他们正在逐渐走向自治。所谓的蒙古帝国正在分裂为一系列明确的政治单元，包括俄国的金帐汗国、波斯的伊儿汗国、中亚的察合台汗国以及大汗统治下的北方汉地和蒙古领土。忽必烈无法获得蒙古精英一致的认可，而这只能通过旨在讨论主要军事政策和选立新汗的忽里台才能达到。他坚持认为，自己不仅仅是一个中国皇帝，虽然他的权力所及范围主要在汉地和蒙古本土，但他仍然坚持采用蒙古帝国最高统治者的一切标志。然而，最终他不得不面对现实来进行调整，建立了一个适合东亚特点的政府。