当旭烈兀忙于和金帐汗国的战争而无暇旁顾时，忽必烈也在开平孤军作战。为设法自救，忽必烈首先试图证明自己的合法性，并把他弟弟阿里不哥描绘成一个非法篡权者。毫无疑问，在他的汉人幕僚的影响下，他以汉人术语表达他的观点。登上汗位一个月后，他发表了即位诏书（实际上是由他的幕僚王鹗起草的），试图把自己和传统的中国皇帝挂上钩。他承认，虽然蒙古人的军事技能非常出色，但是他们的管理技巧还不成熟。当今之世，需要一位圣人统一中国各民族，并且遏制阿里不哥所领导的军队的过激行为。忽必烈声称，只有他才能担当这一重任，并说他已养成了仁爱之心，一直以扶助大众为要务。他主张减轻赋税和其他负担。他强调，让饥饿者有饭吃是他的首要任务，但是他也强调，他会按照前人的传统实行统治，其用意当然是为了迎合他的汉地属民的观点。在结束的时候，他强烈呼吁他领地内的军民，以及领地外那些挑战他统治的人，为了帝国的利益与他合作。他的昭告和传统中国皇帝的几乎没有什么两样。

    他呼吁他的汉地属民帮助他把中国重新统一在他的统治之下，但是这番话他是在汉文语境中说的。在他发表即位诏书几天之后，他便采用了中国年号“中统”（中央统治），其做法与一个典型的中国皇帝无异。除此之外，他建立的政府机构或者类似于传统的中国政府机构，或者与其完全一样。他在自己的统治区设立了十个像中书省和宣慰司这样的管理机构，这和宋朝及其以前中国朝代的统治机构相比，差别很小。忽必烈希望以此向汉人发出一个信号，即他希望采取一种传统中国统治者的官职制度和治理风格。

    虽然忽必烈用自己的行动说服了许多北方汉人，但是他并没有能够影响南宋。事实上，南宋利用忽必烈在北方遇到麻烦之际，收复了蒙古人早先占领的领土。南宋宰相贾似道命令他的军队攻击负责守卫忽必烈新占土地的小股蒙古军队。他们击败了蒙古军队，并夺回了失地。贾似道故意把这次小胜描写成一个巨大的胜利，误导宋廷坚决反对与来自北方的“野蛮”侵略者妥协。而与此同时，忽必烈却对此无力做出回应。他得把他的军队投入到与阿里不哥之间所进行的内战，因此无法派遣军队讨伐南宋。相反，1260年5月21日，他派遣了一个使团前往宋廷寻求以外交途径解决争端。该使团由他的汉儒幕僚郝经率领，何源和刘人杰为副使。贾似道的反应不出所料，而且很不明智，他扣留了郝经及其他使团成员。然而，宋廷明显的敌意只会刺激忽必烈和他的蒙古同胞报复他们，而且最后他们确实这样做了。但是忽必烈暂时必须集中精力对付阿里不哥。

    忽必烈的主要策略，是不许阿里不哥染指农耕世界丰富的物质资源。阿里不哥的基地建在哈剌和林，大部分军需品依赖运输，而忽必烈决心切断他与补给中心的联系。以别失八里为首府的畏兀儿地区就是这些中心之一。蒙古在别失八里的代表合丹支持忽必烈，他是窝阔台的儿子，也就是忽必烈的堂兄弟。到了1262年，合丹已经在实力上胜过了支持阿里不哥的军队。合丹在保卫中国西北部原西夏领土，抵抗阿里不哥入侵方面也发挥了作用。他的军队占领了甘肃，因而切断了阿里不哥在这一地区的补给线。忽必烈自己在燕地（邻近今北京市，稍后成为忽必烈在华北的都城）也布置了军队，这里是哈剌和林蒙古人的第三个备用供应中心。阿里不哥只剩下一个区域，那就是哈剌和林西北的叶尼塞流域。最近的苏联①研究显示，叶尼塞河上游的农民种植小麦、谷子和大麦，而手工艺人为蒙古人生产日用品、武器和农业工具。阿里不哥主要依赖这一地区的物质供应才得以生存。

    但是叶尼塞河上游这个唯一的物质供应基地也是不稳固的，指望它支撑一支军队去击败一支以华北和中亚丰富资源为后盾的军队决非易事。阿里不哥在1260年秋天之后就被限制在叶尼塞河上游了。忽必烈率领大军开向哈剌和林时，阿里不哥早已迅速撤退到叶尼塞河的支流玉丝河。双方军队都建立了他们的冬营地，等待来年春天再对阵。波斯历史学家拉施都丁指责阿里不哥企图假装投降，迷惑忽必烈。他说，阿里不哥向忽必烈承认，“我等诸弟愚昧无知，致于罪戾。君乃我之兄长，以权力著闻。不论何地，我当前往，不敢违兄之令。俟畜肥马壮，我当亲至兄前。”但是，拉施都丁以谴责的笔调写道，阿里不哥实际上心存叛逆，正准备攻击忽必烈的军队。即使这一指责是真实的，想用如此明显的诡计愚弄忽必烈似乎是不太可能得逞的。